系統安全工程創始于美國，并且首先使用于軍事工業方面。20世紀50年代末，科學技術進步的一個顯著特征是設備、工藝和產品越來越復雜。戰略武器的研制、宇宙開發和核電站建設等使得作為現代先進科學技術標志的復雜巨系統相繼問世。這些復雜巨系統往往由數以千、萬計的元件、部件組成，元件、部件之間以非常復雜的關系相連接；在它們被研制和被利用的過程中常常涉及到高能量。系統中的微小的差錯就可能引起大量的能量意外釋放，導致災難性的事故。這些復雜巨系統的安全性問題受到了人們的關注。
人們在開發研制、使用和維護這些復雜巨系統的過程中，逐漸萌發了系統安全的基本思想。作為現代事故預防理論和方法體系的系統安全產生于美國研制民兵式洲際導彈的過程中。系統安全是人們為預防復雜巨系統事故而開發、研究出來的安全理論、方法體系。所謂系統安全，是在系統壽命期間內應用系統安全工程和管理方法，辨識系統中的危險源，并采取控制措施使其危險性最小，從而使系統在規定的性能、時間和成本范圍內達到最佳的安全程度。
系統安全在許多方面發展了事故致因理論。系統安全認為，系統中存在的危險源是事故發生的原因。不同的危險源可能有不同的危險性。危險性是指某種危險源導致事故、造成人員傷害、財物損壞或環境污染的可能性。由于不能徹底地消除所有的危險源，也就不存在絕對的安全。所謂的安全，只不過是沒有超過允許限度的危險。因此，系統安全的目標不是事故為零，而是最佳的安全程度。
系統安全認為可能意外釋放的能量是事故發生的根本原因，而對能量控制的失效是事故發生的直接原因。這涉及能量控制措施的可靠性問題。在系統安全研究中，不可靠被認為是不安全的原因；可靠性工程是系統安全工程的基礎之一。
研究可靠性時，涉及物的因素時，使用故障這一術語；涉及人的因素時，使用人失誤這一術語。這些術語的含義較以往的人的不安全行為、物的不安全狀態深刻的多。一般地，一起事故的發生是許多人失誤和物的故障相互復雜關聯、共同作用的結果，即許多事故致因因素復雜作用的結果。因此，在預防事故時必須在弄清事故致因相互關系的基礎上采取恰當的措施，而不是相互孤立地控制各個因素。
系統安全注重整個系統壽命期間的事故預防，尤其強調在新系統的開發、設計階段采取措施消除、控制危險源。對于正在運行的系統，如工業生產系統，管理方面的疏忽和失誤是事故的主要原因。約翰遜等人很早就注意了這個問題，創立了系統安全管理的理論和方法體系MORT（Managment Oversight and Risk Tree，管理疏忽與危險樹），它把能量意外釋放論、變化的觀點、人失誤理論等引入其中，又包括了工業事故預防中的許多行之有效的管理方法，如事故判定技術、標準化作業、職業安全分析等。它的基本思想和方法對現代工業安全管理產生了深刻的影響。
